行政院卫生署1月5日，过去健保局已持续针对清净手术（包含股及腹股沟疝气手术（单侧）、股及腹股沟疝气手术(双侧)、全膝关节置换手术(单侧)、全股关节置换手术(单侧)、甲状腺切除术、全股关节置换术(双侧)）抗生素使用之情形进行监测，而清净手术抗生素使用日数大于4日使用率，从91年第3季18.83﹪下降至94年第3季17.53﹪。
依据全民健康保险药品给付规定，「清净的手术」也就是手术范围是清净而且手术过程中不容易受到污染的手术。心脏手术、脑部手术、脏器移植手术及置放人工植入物之手术等都属清净手术，此类手术使用抗生素是为了预防感染，原则上使用3天内已经足够，甚至可以不用，清净手术抗生素使用情形虽有下降，但仍有进一步改善的空间。
健保局针对人工关节置换术，进一步分析发现，人工关节置换术平均住院天数约9至10日，抗生素使用日数小于3日（含）者，仅占27﹪至29﹪；4-7日者占44﹪至49﹪；约25﹪之案件，抗生素使用日数高达8日以上；合计有73﹪以上之案件，可能有抗生素使用过量的现象。依据国外文献，人工关节置换手术之感染率约在0.3﹪-1﹪之间，虽然健保局资料无法统计正确的感染率，但以抗生素使用量看来，可能偏高。另外，我国人工膝、髋关节置换手术均属于论病例计酬支付项目，医院为成本考虑，都会将医疗资源发挥最大效益，在此规范下，抗生素使用仍较高者，很有可能是对手术室无菌作业或环境信心不足，或是的确已发生院内感染的事实，尤其是住院日较长且使用多种抗生素的个案。
抗生素适当使用，能迅速且有效控制细菌感染，避免感染并发症发生，但若不该用而用甚或使用过量，使病菌产生抗药性，将可能导致无药可用的严重程度。一般民众在接受人工关节置换手术前会较关心手术安全、使用的特材及术后自我照顾方式，比较不重视抗生素的使用情形。健保局在此呼吁，清净手术的抗生素使用也是值得病人关心的重点。
医院则应加强手术室之环境控制，彻底做好院内感染管控，并将清净手术抗生素使用日数，做为医院质量监控指针，了解抗生素使用偏高的理由，系医院手术环境不佳的缘故或是医疗人员技术须改善，导致不得不借着多使用抗生素以预防院内感染。更可以提升医疗服务质量，节省医疗费用成本支出及医病纠纷。
健保局将先针对抗生素使用日数较有疑义者，即用抗生素8日以上案件比率偏高之医院及医师，目前约有10家医院及40位医师，加强辅导，并提供数据予医院质量及感染控制等主管机关参考，以共同督促医院改善，保障民众就医质量。
