针刀手术都是深入肌腱、关节间隙、软组织深部进行切割、剥离，所以一旦感染，就会造成深部脓肿，所以无菌操作必须符合要求，规范化。
1、手术环境　有条件的地方，室内须用紫外线消毒灭菌，手术台、治疗台、以及治疗床上的单子必须经常换洗消毒。
2、术野皮肤必须充分消毒　先定进针点，用紫药水做一记号，然后用碘酒洗擦术野皮肤，再用75%酒精脱碘，覆盖上无菌小洞巾，使进针点正对洞巾的洞口中间。
3、洗手　术者在术前必须洗手，先用刷子和肥皂充分洗刷手掌背面及指甲缝（术者必须将指甲剪干净），用清水洗净后，在放于千分之一新洁尔灭液中浸泡5分钟（预备两只瓷盆，一只放清水，一只放千分之一新吉尔灭液），然后再用大酒清棉球洗擦全手。
4、器械消毒　针刀洗干净，高压灭菌，每做一点、用一支针刀，不可一支针刀做完一点再继续使用。要使用必须放在器械溶液里再浸泡30分钟后方可再用。术时配合使用的所有器械均需高压消毒（锤子、外固定器、各种型号的穿刺针）。
5、术时，医生和护士均应戴上消毒口罩和帽子，穿上隔离衣，护士递消毒巾及针刀时，均应用无菌镊子钳夹，千万勿使器械污染。
6、术毕时，针孔立即盖以无菌纱布，胶布固定，嘱患者３天内在施术处不可清洗、污染。
7、如针刀做闭合性折骨时，完全按骨外科手术常规进行。
8、做闭合性折骨术后，需常规服抗生素３天，以防感染。